根据我国公共卫生事业发展的实际状况和未来发展趋势，密切结合学校办学定位和区域卫生、经济的发展需求，借鉴兄弟院校公共卫生与预防医学建设和发展的先进经验，本着公共卫生学院发展定位与学校整体发展相协调的基本思路，体现超前规划、分步实施、目标明确，突出重点、整体协调的原则，全面推进“十三五”时期公共卫生学院事业健康发展，建设和谐文化氛围，提升学院综合竞争力，制定公共卫生学院“十三五”（2016－2020）专业建设规划。

学院强化学科建设，以优势学科带动相关学科发展。自2006年以来学院先后与“应用心理”、“病原生物学”、“病理学与病理生理学”等学科联合培养研究生，2013年目录外二级学科硕士点流行病与医学统计学开始招生，2017年已成功获批公共卫生与预防医学一级学科硕士学位点。学院将以一级学科硕士点为引领积极带动卫生统计和流行病学、妇幼保健和儿少卫生学、卫生检验与检疫学、公共事业管理学等多个学科发展，逐步形成齐头并进的趋势。  

目前学院拥有“预防医学”校级重点学科（1999年），《预防医学》省级精品课程（2009年），《医学统计学》校级精品课程（2010年），“慢性病、传染病流行病学研究团队”校级科技创新团队（2011年），2017年成功获批省级预防医学教学团队，学院专业建设稳步推进，积极彰显特色。目前我院拥有一个本科预防医学专业，2017年已获批食品卫生与营养学专业，拟于2019年开始招生。“预防医学”为省级特色专业（2012年），省级校企合作平台建设（2013年），预防医学新专业建设（2013年），省级专业综合改革试点（2014年），安徽省产学研联合研究生培养示范基地（2015年）。预防医学专业培养以当前国家公共卫生服务体系需要为导向，通过本科生“双导师”制、“卓越公共卫生卫生计划”、“公共卫生医师技能考核”、校内外毕业论文答辩等培养方式构成的培养模式，培养了多层次发展，能下得去、业务能力强的公共卫生人才，目前已在华东地区形成一定的影响力。经过历史积淀和近年“两计划一专项”的建设，学院已逐步建成流行病学与卫生统计学优势学科，并带动学院其他学科的发展，已形成我院教学、学生培养以及科研的方面的特色。

学科建设方面2019年将申报皖南医学院校级重点学科，为2020年申报省级重点学科奠定基础；2019年-2020年申报妇幼保健专业、预防医学辅修专业，目前正在起草材料。2020年筹建妇幼保健与儿少卫生学教研室，食品卫生学教研室、营养学教研室，为辅修专业建设和食品卫生与营养学专业建设奠定基础。2019年举办第五届公共卫生论坛，加强公共卫生论坛的内涵建设，带动公共卫生技能培训和技能赛事。着力加强预防医学专业内涵建设，突出专业特色。